Os fiéis do Opus Dei, precisamente enquanto tais, são e sentem-se membros vivos da Igreja universal e das suas respectivas dioceses, em cuja vida participam como os outros fiéis; há que ter em conta, além disso, que esta prelatura, diferentemente do que poderia acontecer noutras, não abrange alguns aspectos da pastoral corrente (baptismos, confirmações, matrimónios, funerais, etc.), dedicando, antes, especial atenção à formação dos seus fiéis e dos que se aproximam dos seus apostolados (encontros e retiros espirituais, estudo das ciências sagradas, direcção espiritual pessoal, etc.).
A legítima autonomia do Opus Dei para levar a cabo a sua missão eclesial, como de resto a autonomia que em diversos graus é própria de todo o fiel e de qualquer realidade eclesial, é sempre autonomia na comunhão com a Igreja universal e o Santo Padre, com as Igrejas particulares e os Bispos diocesanos. Neste sentido, o Opus Dei, na sua actual configuração como prelatura, tem a autonomia própria das instituições integrantes da constituição hierárquica da Igreja (cuja cabeça é um sujeito com poder episcopal), que é diferente da autonomia própria das entidades de estrutura associativa.