Esta diversidade fundamenta a cooperação orgânica entre sacerdotes e leigos na missão da Igreja. João Paulo II referiu-se à Prelatura do Opus Dei nestes termos: “desejo sublinhar que a pertença dos fiéis leigos seja à própria Igreja particular seja à Prelatura, à qual estão incorporados, faz que a missão peculiar da Prelatura conflua para o compromisso evangelizador de cada Igreja particular, como prevê o Concílio do Vaticano II ao desejar a figura das Prelaturas pessoais” (Discurso, 17-III-2001).
Conceber a prelatura como uma instituição formada apenas por sacerdotes contradiria tanto a realidade do Opus Dei como a novidade e índole específica das prelaturas. Essa concepção veria as prelaturas como associações de sacerdotes nelas incardinados, instituições certamente muito importantes na vida da Igreja, mas essencialmente diferentes pelo seu carácter associativo e apenas clerical.
Por outro lado, a realidade do Opus Dei inclui também uma associação de sacerdotes, a Sociedade Sacerdotal da Santa Cruz, inseparável da prelatura. A Sociedade Sacerdotal da Santa Cruz diz respeito apenas à vida espiritual dos seus membros, não ao seu trabalho pastoral, que não muda pelo facto de lhe pertencerem. Fazem parte desta associação os padres da prelatura e outros padres diocesanos que tenham recebido também a vocação para o Opus Dei para se santificarem na sua vocação sacerdotal, sem constituírem um grupo à parte, mas procurando que o seu ministério e inserção na diocese, o seu lugar próprio no serviço da Igreja, sejam cada vez mais fecundos, em plena e cordial obediência à autoridade do Bispo diocesano, única autoridade eclesiástica de quem dependem, e em união fraterna com todos os outros sacerdotes.