Nasceu em Évora a 5 de Fevereiro de 1959. Fez aí o liceu e depois foi estudar para Lisboa onde se licenciou em Línguas e Literatura Modernas. Em 1990 concluiu o mestrado em Línguas e Literaturas Modernas (Estudos Anglo-Portugueses).
Depois de frequentar o seminário da Prelatura do Opus Dei em Roma, em 1997 doutorou-se na Faculdade Eclesiástica de Filosofia da Universidade de Navarra, dissertando sobre “O pensamento estético de David Hume”.
O Padre José Afonso Guedes foi ordenado sacerdote em 13 de Setembro de 1998.
Desde então exerceu o seu ministério sacerdotal fundamentalmente em Lisboa. Nos últimos anos foi o Director do Oratório de São Josemaria, nessa cidade. Todos recordam a sua jovialidade, delicadeza, bom humor, a sua disponibilidade para o que fosse preciso.
Dedicava grande parte da sua actividade pastoral à administração do sacramento da reconciliação, contando-se por largas centenas as pessoas que atendia cada mês. Todos agradecem os seus prudentes conselhos, as vezes sem conta em que fez experimentar os que o ouviam a proximidade de Deus, recorrendo sempre na sua pregação a pequenas histórias e exemplos que ajudavam a penetrar mais no mistério do amor de Deus por nós. Via-se como amava o seu sacerdócio e assim viveu fielmente até ao fim.
O velório realizou-se no Oratório de São Josemaria. Muitas dezenas de pessoas rezaram durante horas, acompanhando a mãe, a irmã e outros familiares do defunto, manifestando assim o muito apreço que tinham por ele.
Na Missa do funeral o oratório esteve completamente cheio de fiéis. Concelebraram vários sacerdotes, entre eles alguns da Arquidiocese de Évora, o pároco de São Domingos de Benfica, em Lisboa, e presidiu à celebração o Vigário Regional do Opus Dei, Mons. José Rafael Espírito Santo. Na homilia ressaltou o amor ao sacerdócio e a fidelidade do Padre José Guedes, e como com esta perda Deus está a pedir-nos que cresçamos em fé e em confiança. Referiu umas palavras que o Prelado do Opus Dei, D. Javier Echevarría, enviou nesta ocasião. Com elas o Prelado manifestou o seu profundo pesar, unindo-se à dor e às orações por este seu filho fiel. E animou todos a estar serenos, pois não podemos ter nenhuma dúvida de que o Nosso Pai Deus nos assiste até ao último momento: devemos estar tranquilos, cheios de confiança na Providência do Céu, sabendo que muitos frutos sairão de tudo o que acabámos de viver.
Antes de sair o cortejo para o cemitério do Lumiar, Mons. José Rafael Espírito Santo agradeceu a presença de todos e afirmou a sua convicção de que o Padre José Afonso Guedes, agora diante de Deus, continuará a ajudar com a sua intercessão aqueles que acompanhou aqui na terra.